Secuenciaron 31 genomas de SARS-CoV-2 en la provincia de Chaco
Todas las secuencias pertenecen al linaje B.1, las cuales apoyan la hipótesis de múltiples introducciones del virus a la provincia como puede ser el contacto estrecho o circulación en conglomerado o comunitaria. Las secuencias serán subidas a la base de datos internacional GISAID una vez concluidos los análisis pertinentes, mientras tanto estarán disponibles en un repositorio local.
Resultados obtenidos: Linaje B.1
El periodo de análisis en esta etapa corresponde a los primeros meses del brote en Argentina, desde el 1 de abril al 27 de mayo, más dos casos del mes de junio de relevancia epidemiológica al momento del muestreo. Los laboratorios y centros de salud que aportaron las muestras de los pacientes y participaron de los resultados fueron el Servicio de Inmunología Hospital Dr. Julio C. Perrando; el Instituto de Medicina Regional de la UNNE y la Dirección de Epidemiología del Ministerio de Salud de la provincia. Las muestras que se analizaron corresponden a extractos de ARN obtenidos de hisopados nasofaríngeos confirmados para la COVID-19 por la técnica de referencia de RT-PCR en tiempo real y un valor de CT por debajo de 30.
Para la selección de las muestras se siguió el criterio de identificar los linajes virales que ingresaron a la provincia a través de personas con antecedente de viaje a zonas afectadas, así como brotes por circulación comunitaria. Del total de 31 muestras positivas para SARS-CoV-2 para secuenciar: 14 infecciones fueron relacionadas a contactos estrechos con casos confirmados, 8 por infección comunitaria, 8 por conglomerados, y 1 permanece en estudio. El promedio de edad fue de 43 años aproximadamente.
La evidencia filogenética apoyó la hipótesis de múltiples introducciones del virus a la provincia, donde muestra al menos 11 introducciones independientes. Si bien la mayoría de las muestras están concentradas en la ciudad de Resistencia, se puede observar como tres de los cuatro grupos de secuencias o clusters permiten inferir la circulación de los mismos en distintos barrios cercanos a la ciudad, pero también en localidades más alejadas.
Situación epidemiológica de la provincia de Chaco
Los primeros casos notificados de la provincia datan de principio de marzo, unos días antes del Aislamiento Social Obligatorio (ASPO) dispuesto por el Gobierno Nacional. Respecto al número de casos reportados al Sistema de Vigilancia Epidemiológica provincial hasta el 27 de mayo se registró un total de 788 personas con diagnóstico positivo de COVID-19, siendo Resistencia (641 casos) la jurisdicción más afectada. Del total de casos de coronavirus el 42% fueron producidos por contacto estrecho.
La provincia tiene una característica particular respecto a las costumbres turísticas, el turismo internacional se realiza principalmente a través de los aeropuertos internacionales de Asunción (Paraguay) y Foz de Iguazú (Brasil).
Proyecto País
Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular, y estudios de correlación clínica.
